6/8/2003 tarih ve 25191 Sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan 4968 sayılı Kanun ile Devlet Planlama Teşkilatı Müsteşarlığı bünyesinde Avrupa Birliği Eğitim ve Gençlik Programları Merkezi Başkanlığı kurulmuştur.

Devlet Bakanı ve Başbakan Yardımcılığı Onayı ile;
Müsteşar Yardımcılığına bağlı Bilgi Toplumu Dairesi Başkanlığı ile Bölgesel Gelişme ve Yapısal Uyum Genel Müdürlüğüne bağlı Avrupa Birliği Bölgesel Programlar Dairesi Başkanlığı kurulmuştur.

5436 Sayılı Kanunun 15. Maddesine göre Teşkilatımız bünyesinde Müsteşarlığa bağlı Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı kurulmuştur. 5018 Sayılı Kanunun 60. Maddesinde de Mali Hizmetler Biriminin görevleri sayılmıştır.