06/08/2003 tarih ve 25191 Sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan 4968 sayılı Kanun ile Devlet Planlama Teşkilatı Müsteşarlığı bünyesinde Avrupa Birliği Eğitim ve Gençlik Programları Merkezi Başkanlığı kurulmuştur.

Devlet Bakanı ve Başbakan Yardımcılığı Onayı ile;
Müsteşar Yardımcılığına bağlı Bilgi Toplumu Dairesi Başkanlığı ile Bölgesel Gelişme ve Yapısal Uyum Genel Müdürlüğüne bağlı Avrupa Birliği Bölgesel Programlar Dairesi Başkanlığı kurulmuştur.

5436 Sayılı Kanunun 15. Maddesine göre Teşkilatımız bünyesinde Müsteşarlığa bağlı Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı kurulmuştur. 5018 Sayılı Kanunun 60. Maddesinde de Mali Hizmetler Biriminin görevleri sayılmıştır.

09/07/2009 tarih ve 27283 Sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan 5916 Sayılı Avrupa Birliği Genel Sekreterliği Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanunun 18. Maddesine göre Avrupa Birliği ile İlişkiler Genel Müdürlüğü kaldırılmıştır.

Devlet Bakanı Onayı ile;
Bölgesel Gelişme ve Yapısal Uyum Genel Müdürlüğüne bağlı Avrupa Birliği Ekonomik ve Sosyal Uyum Dairesi Başkanlığı kurulmuştur.

Devlet Bakanı Onayı ile;
Bölgesel Gelişme ve Yapısal Uyum Genel Müdürlüğü bünyesindeki;
1- Bölgesel Gelişme Dairesi Başkanlığı, Kalkınmada Öncelikli Yöreler Dairesi Başkanlığı, İzleme ve Değerlendirme Dairesi Başkanlığı ile Avrupa Birliği Bölgesel Programlar Dairesi Başkanlıkları kaldırılmış,
2- Aynı Genel Müdürlük bünyesinde, Kentsel ve Mekansal Gelişme Dairesi Başkanlığı, Yerel ve Kırsal Kalkınma Dairesi Başkanlığı, Bölgesel Rekabet Edebilirlik Dairesi Başanlığı, Strateji ve Politika Geliştirme Dairesi Başkanlığı ile İzleme, Değerlendirme ve Analiz Dairesi Başkanlıkları kurulmuştur.